南京城被攻破本來(lái)是件好事情，但李仙聽(tīng)了這個(gè)消息后卻大為生氣，甚至當(dāng)面指責(zé)王九玄擅自用兵，打破了混元宗和三元觀多年來(lái)一直共同進(jìn)退的默契。
至于天地會(huì)和北方門(mén)派等，心情復(fù)雜，態(tài)度曖昧，卻都不想卷入雙方之間的爭(zhēng)執(zhí)去。
李仙倒不是不想打南京，而是想利用南京吸引來(lái)清廷和異人殿的更多兵力，然后一鼓而下，為之后的進(jìn)一步北伐奠定基礎(chǔ)的。
而且，混元宗之前招募了五萬(wàn)新兵，對(duì)新兵的培訓(xùn)剛好到關(guān)鍵時(shí)期，因此想著到1848年春天才去進(jìn)攻南京的，沒(méi)想到一不留神就讓三元觀和太平軍拔得頭籌，將最富有的江南城市拿走。
三元觀事后倒多方解釋，說(shuō)己方只是因勢(shì)利導(dǎo)，并沒(méi)有甩開(kāi)混元宗單干的意圖，但只看三元觀在此次戰(zhàn)斗中投入的大量兵力和物資，就知道這是三元觀準(zhǔn)備了很長(zhǎng)時(shí)間的戰(zhàn)斗，絕不是什么臨時(shí)發(fā)揮。
不過(guò)，事已至此，混元宗上下群情激奮也沒(méi)什么大用，還得按照當(dāng)前的新局面調(diào)整整體戰(zhàn)略。
南京陷落不久后，混元宗就派遣海軍進(jìn)入長(zhǎng)江，對(duì)殘余的清廷長(zhǎng)江水師給予毀滅性打擊，一下子就奪得在長(zhǎng)江的制江權(quán)。
這還不夠，混元宗趁著三元觀和太平軍在南京分贓不均，正在爭(zhēng)吵的當(dāng)口快速出兵，將與之不遠(yuǎn)的鎮(zhèn)江和揚(yáng)州等地都打了下來(lái)。
鎮(zhèn)江也還罷了，揚(yáng)州可也是著名的打成，光是城內(nèi)人口就有六十多萬(wàn)，混元宗這一戰(zhàn)就收獲了一千五六百萬(wàn)元的財(cái)物，雖然比不上打南京的收獲，但也不無(wú)少補(bǔ)。
另一方面，三元觀和魔教在南京也有了五六千萬(wàn)元的收獲，但之后為了多占這些財(cái)物，差點(diǎn)都互相動(dòng)刀子。
最后，還是華夏盟大量門(mén)派的干預(yù)，特別是甚至派三萬(wàn)軍隊(duì)到南京城下，美其名曰為盟友們助威，這種情況下雙方才沒(méi)打起來(lái)，都悻悻然住手，想辦法商討出相對(duì)合理的分配方案來(lái)。
這一幕，自然被混元宗上下譏笑不已，后來(lái)還多次拿出來(lái)嘲笑這兩個(gè)門(mén)派。
之后，三元觀和魔教都想拿下南京作為自己的根據(jù)地，只是又都不愿意跟對(duì)方分享，甚至為此爆發(fā)先天之戰(zhàn)，與這兩個(gè)門(mén)派交好的多名先天高手以比武切磋的名義出手，暗中較勁。
最后，三元觀考慮到自家也有強(qiáng)大的海軍，就算拿不到南京，在漫長(zhǎng)海岸線上隨便找到一個(gè)足夠大的城市占領(lǐng)也不是什么難事，才同意將南京城讓給魔教做根據(jù)地，但也讓魔教拿出足足五百萬(wàn)兩銀子，作為買(mǎi)斷南京城的費(fèi)用。
清廷的御用文人們拿這事情大肆炒作，說(shuō)造反者們內(nèi)部糾紛重重，就是朝廷不打過(guò)去，也有可能自己火并，認(rèn)為叛軍就算一時(shí)強(qiáng)盛，覆滅也是早晚的事情。
之后，華夏軍出兵重新攻占蘇州，三元觀則占領(lǐng)蘇州和南京之間的常州，擺出共同對(duì)抗清廷的架勢(shì)。
這樣一來(lái)，清廷最擔(dān)憂的事情發(fā)生了，西邊的太平軍和東邊的華夏軍在南京城下實(shí)現(xiàn)事實(shí)上的匯合，幾乎切斷了長(zhǎng)江以南地區(qū)對(duì)北方的聯(lián)絡(luò)，在江南各地的清廷部隊(duì)，就只剩下被各個(gè)擊破的份了。
之后的戰(zhàn)爭(zhēng)發(fā)展形勢(shì)，也證明了這種擔(dān)憂是非常正確的。
混元宗作戰(zhàn)向來(lái)不愿意多占地盤(pán)，不想為駐守城市而分兵，但奪占揚(yáng)州后，混元宗卻不像以前那樣只搶財(cái)物后就退出去，而是派出一支兩萬(wàn)人的部隊(duì)在揚(yáng)州駐扎起來(lái)，成為進(jìn)攻清廷的最北方的橋頭堡。
這時(shí)候，所有人都突然警醒起來(lái)，混元宗的總兵力已經(jīng)達(dá)到八萬(wàn)人，從南到北的根據(jù)地里還有五萬(wàn)以上新兵在接受訓(xùn)練，遠(yuǎn)不是以前士兵精悍卻少的情況。
李仙派去駐守?fù)P州的是原來(lái)的海軍陸戰(zhàn)隊(duì)指揮官喬大青，他在揚(yáng)州駐扎下來(lái)后，依托地形建立極為牢固的防守陣地，又能通過(guò)長(zhǎng)江獲得各種補(bǔ)給和支援，之后清軍雖然多次反撲揚(yáng)州，但均以失敗告終，反而成就喬大青的赫赫威名。
在之后的一段時(shí)日里，江西、浙江和福建的清軍幾乎沒(méi)能組織什么有效的反抗，基本是望風(fēng)而降。
不管是混元宗、三元觀還是太平軍，甚或天地會(huì)和其他造反盟友，在這一時(shí)期均在快速擴(kuò)張兵力，多占領(lǐng)地盤(pán)，其軍事實(shí)力均出現(xiàn)天翻地覆的變化。
1849年春，李仙終于率領(lǐng)五萬(wàn)精銳重新登陸莆田，然后到九連山，步步推進(jìn)，絕不冒進(jìn)，與異人殿留守九連山的守軍發(fā)生多場(chǎng)殊死戰(zhàn)斗。
洞天福地畢竟算是另一個(gè)世界，普通士兵在里頭生存都困難，用起兵來(lái)非常麻煩，因此就算在主世界占據(jù)絕對(duì)優(yōu)勢(shì)的情況下，進(jìn)攻有大量高手駐守的洞天福地也絕不是什么容易的事情。
要不然，清廷之前擁有天下，又有異人殿的修士輔助，也不會(huì)只能占領(lǐng)十幾個(gè)洞天福地，其余地方任由敵視自己的武學(xué)門(mén)派占據(jù)，就是連三元福地這樣離廣州很近的地方也由得三元觀經(jīng)營(yíng)。
還好，李仙這次做足了準(zhǔn)備，軍中高手無(wú)數(shù)，但是先天高手就有二十人以上，而九連山的實(shí)力在之前的戰(zhàn)斗中受到極大削弱，又有大量高手被抽調(diào)，此時(shí)的防守力量處在數(shù)百年來(lái)的谷底。
不過(guò)，這一戰(zhàn)依然打得天翻地覆，混元宗足足打了半年才將九連山拿下，光復(fù)了著名的南少林福地。
這一戰(zhàn)，一方面大大鼓舞了天下武林的士氣，另一方面也標(biāo)志著混元宗有了自己獨(dú)立的福地，不需要再跟三元觀擠在一起，對(duì)混元宗而言，其意義不比南京的陷落差多少的。
在1849年年底的時(shí)候，長(zhǎng)江以南九成以上的地區(qū)都落入造反者們手中，使得造反勢(shì)力和清廷之間的勢(shì)力對(duì)比發(fā)生根本的變化。
只是，隨著占領(lǐng)的地盤(pán)越來(lái)越多，造反者們之間的摩擦也越來(lái)越頻繁，別的不說(shuō)，廣西魔教自持為魔尊留下的正統(tǒng)傳承，甚至自稱太平軍，不愿意加入各大門(mén)派組成的華夏盟，只承認(rèn)跟華夏盟是盟友關(guān)系，其心思昭然若揭。
不過(guò)，這樣一來(lái)魔教也得罪了華夏盟大部分門(mén)派，而且擱置了百年多的正邪之爭(zhēng)也不見(jiàn)得完全平息，魔教就開(kāi)始被華夏盟有意無(wú)意地孤立起來(lái)。