在趙禹等人的精心策劃下，薩平利用自己的身份以及家族的影響力，令得一干蒙古貴人對(duì)于明年糧價(jià)大跌之事深信不疑，紛紛拋售自家囤積的糧食，一時(shí)間，大都糧價(jià)狂跌。與此同時(shí)，顏垣利用為樸大寶翻新宅邸的機(jī)會(huì)，查探到樸大寶多年積攢的財(cái)貨，將之盡數(shù)盜出，加上趙禹北上大都所攜帶的錢財(cái)，在大都糧價(jià)狂跌的時(shí)候，收購(gòu)了大批的糧食，借助樸大寶的力量，由海津鎮(zhèn)用海船秘密運(yùn)往山東。借助這一批糧食，已經(jīng)加入殿前衛(wèi)的嶗山派佟百濤在山東為殿前衛(wèi)經(jīng)營(yíng)起龐大勢(shì)力。
在藍(lán)教主的幫助下，趙禹查探到六派人士被關(guān)押的地點(diǎn)，并將消息轉(zhuǎn)告張三豐等人。
一直潛伏在趙敏身邊保護(hù)，扮作苦頭陀的光明右使范遙找到了趙禹，告知原來趙敏在揚(yáng)州時(shí)有了趙禹的骨肉，秘密前往上都待產(chǎn)，如今才返回來。
王保保驚聞妹妹竟然有了江南反王的骨肉，與趙敏大吵一通，兄妹決裂。他更指示麾下高手將妹妹與外甥軟禁在一個(gè)隱秘的地方，萬(wàn)念俱灰下，為了汝陽(yáng)王府的前程，終于決定投靠太子，卻不料此舉恰恰堅(jiān)定了太子除掉汝陽(yáng)王的決心。
為了營(yíng)救藍(lán)教主，趙禹策劃一干武林人士營(yíng)救被關(guān)押的六派人士，夜闖宮闕，擊殺大內(nèi)侍衛(wèi)總管番僧赤都，以此聲東擊西之計(jì)成功救出藍(lán)教主，并且讓太子誤以為皇帝將要除掉他，從而悍然率領(lǐng)麾下護(hù)衛(wèi)攻擊皇宮。一時(shí)間。整個(gè)大都陷入混亂當(dāng)中。而張三豐等人在付出慘重傷亡后，也終于將被關(guān)押的六派人士解救出來。
太子兵敗，被王保保護(hù)送一路逃到陜西，而博羅帖木兒更是一路追殺，雙方陷入混戰(zhàn)當(dāng)中。
趙禹率眾經(jīng)由海路安然返回南方，卻在歸途上遇到前往中土的波斯明教一行人。趙禹將波斯明教一行引到應(yīng)天，并且察知到如今波斯明教的惡劣形勢(shì)。波斯明教中人到了應(yīng)天之后。便開始煽動(dòng)中土明教弟子加入他們，卻發(fā)現(xiàn)中土明教的教義已經(jīng)完全與波斯總教的教義相悖，而且中土明教的弟子們對(duì)他們也缺少尊敬。正當(dāng)他們心灰意懶之際，卻發(fā)現(xiàn)了多年前派往中土的圣女黛綺絲。
驚詫之下，趙禹一面命人去迎回金毛獅王。一面派人出海尋找殷野王等人的下落。楊逍自責(zé)之下，欲自裁謝罪，被殷天正制止。而紀(jì)曉芙卻因疼惜女兒，私自將楊不悔放走。
楊不悔前往投奔張無(wú)忌，并且將這個(gè)消息告知。正派人士唯恐倚天劍屠龍刀全都落入趙禹手中，便與張士誠(chéng)合謀封鎖海路，成功將謝遜截入手中，并且籌劃屠獅大會(huì)。張無(wú)忌營(yíng)救義父不得，又被武當(dāng)派同門所厭棄，無(wú)奈下與楊不悔再次來到應(yīng)天，在楚王府門前長(zhǎng)跪謝罪，希望趙禹能夠出手救回義父。
與此同時(shí)，一直沒有出手營(yíng)救六派人士的少林竟與朱元璋合謀，刺殺劉福通，朱元璋成功掌握了河南紅巾軍。而徐壽輝也引狼入室，接納了陳友諒，被陳友諒篡奪了軍權(quán)。兩方兵合一處，進(jìn)犯應(yīng)天。一時(shí)間，應(yīng)天四面楚歌，形勢(shì)危在旦夕。
趙禹故意放縱朱元璋大軍殺到應(yīng)天城下，與此同時(shí)，早在西域時(shí)他安排在陳友諒身邊的五行旗秘營(yíng)成員此時(shí)早已經(jīng)掌握了陳友諒軍中大權(quán)，大軍經(jīng)過鄱陽(yáng)湖后，殺掉陳友諒，馳援應(yīng)天。內(nèi)外合擊，徹底擊潰了朱元璋大軍，而朱元璋也死在了亂軍之中。
憑此兵威，趙禹率領(lǐng)大軍兵犯蘇州，而方國(guó)珍也徹底投靠了趙禹。張士誠(chéng)力不能敵，自縛出城投降，原本正在籌劃的屠獅大會(huì)也不了了之。謝遜成功被解救出來，而屠龍刀卻下落不明。各派武林人士仍然不肯順服，滅絕師太當(dāng)眾宣布了刀劍之中的秘密，于是各派人士紛紛出海，尋找屠龍刀的下落，寄望以此來打敗魔君。
平定江南之后，趙禹命徐達(dá)常遇春興兵北伐，而此時(shí)元廷大軍仍陷入混戰(zhàn)之中，根本無(wú)力抵抗。北伐大軍勢(shì)如破竹，一路殺入大都城中，傳承百年的大元國(guó)祚就此覆滅！
元帝等一干蒙古貴人們倉(cāng)皇逃亡上都，徐達(dá)常遇春北伐大軍一路追擊。而在將近上都時(shí)，常遇春舊疾復(fù)發(fā)，性命危在旦夕，趙禹攜醫(yī)仙胡青牛奔赴上都，救下常遇春，同時(shí)擒獲未及逃遠(yuǎn)的元帝，將之押回應(yīng)天。
是年，趙禹正式在應(yīng)天登基為帝，國(guó)號(hào)大明。于此同時(shí)，王保保擁戴元廷太子登基為帝，重建大元，一路往西而去。
新朝第二年，失蹤數(shù)年之久的殷野王等人終于回到中土，并且?guī)硪粋€(gè)震驚世人的消息。他們漂泊海外，一路往東行去，竟然發(fā)現(xiàn)一片豐饒廣袤的土地。那片土地地廣人稀，無(wú)比肥沃，同時(shí)生長(zhǎng)著無(wú)數(shù)在中土不曾出現(xiàn)的物種。塊莖肥大的番薯，顆粒飽滿、形如珍珠黃玉的蕃米……
這個(gè)消息令新朝上下震蕩無(wú)比，趙禹更是親自參與到進(jìn)賢院對(duì)于新物種的研究中。為了更清晰了解那塊新土地，趙禹命令殷野王等人將自己一路行進(jìn)路程詳細(xì)記錄下來，刊行天下，鼓勵(lì)民間前去探索。對(duì)于財(cái)富土地的渴望，整個(gè)新朝掀起了遠(yuǎn)航的熱潮，然而由于路程著實(shí)太過遙遠(yuǎn)，茫茫大海中天災(zāi)**不斷，無(wú)數(shù)人葬身在海洋中，然而也有一些運(yùn)氣好到了極點(diǎn)的人終于到達(dá)海洋的彼岸，那塊富饒無(wú)比的廣闊大陸，并且收集那些罕見物種，返回中土，獲得驚人的封賞厚賜！
新的物種研發(fā)進(jìn)度喜人，許多農(nóng)作物已經(jīng)成功在中土種植下來。而這其中，尤以元朝廢帝這位魯班天子的研究最為驚人。他竟借助新大陸帶回的一種樹膠設(shè)計(jì)出不須人力劃動(dòng)，只憑借沸水熱氣推動(dòng)便能自動(dòng)行駛的龍舟！
元帝將此奇物進(jìn)獻(xiàn)朝廷，趙禹大喜過望，冊(cè)封元帝為王，準(zhǔn)其世代傳承，非謀國(guó)之逆不得廢除。有此榜樣，整個(gè)大明新朝掀起格物致知的狂熱浪潮！
正當(dāng)一切欣欣向榮時(shí)，陰霾卻在漸漸逼近。新大陸的據(jù)點(diǎn)上突然出現(xiàn)紅皮膚土著人，那些人驍勇善戰(zhàn)，甫一接觸便給了大明子民迎頭痛擊，損失慘重，只有一些身負(fù)武功之輩存活下來，并且將消息傳遞回來。趙禹大怒，欲要興兵討伐卻被群臣勸阻，無(wú)奈下只能號(hào)召民間江湖人士前往新大陸。為了緩和正道武林與新朝的矛盾，張三豐百歲高齡自告奮勇，率領(lǐng)一干武林高手出海遠(yuǎn)洋。趙禹親自送行，并冊(cè)封張三豐為護(hù)國(guó)法師，許武當(dāng)派世代傳承。
隨著往來中土與新大陸的人越來越多，江南卻突然爆發(fā)瘟疫，無(wú)數(shù)人因此身亡。趙禹緊急召集天下名醫(yī)商討救治之法，終于在五毒教藍(lán)教主和醫(yī)仙胡青牛的幫助下，尋找到醫(yī)治惡疾的良策，將瘟疫完全清除。